妙手医生
作者：张凤 北京市朝阳区六里屯社区卫生服务中心(北京城建老年病医院)
我们对口腔变形链球菌进行了研究分析，变形链球菌JH1140是一种口腔细菌，已知产生细菌素突变，该菌株已通过基因工程对抗龋齿。在这里，我们报道了2.0mb的变形链球菌JH1140的基因组草案。该基因组为该菌株优越的定植特性及其在替代治疗中的应用提供了新的见解
龋齿被认为是影响全球人口的最广泛的慢性疾病之一。由于其产生乳酸，口腔细菌变形链球菌被认为是导致龋齿的主要原因之一。变形链球菌JH1140已经进行了基因改造，以预防龋齿。这项技术被称为“替代疗法”，源于工程JH1140菌株产生更少的酸。革兰氏阳性乳酸菌，如变形链球菌，已知会产生细菌素。JH1140能够产生一种有效的细菌素，这使工程替代治疗菌株BCS3-L1能够在接种者的口腔中定植。Mutacin 1140是一种由变形链球菌JH1140产生的一种细菌素。它属于一类肽抗生素，称为latin。.Mutacin1140已被证明对革兰氏阳性病原体具有广泛的活性。已知许多细菌含有一种以上的细菌素的基因。然而，这些基因中有许多只有在特定条件下才能表达，这破坏了分离这些细菌素的努力。突变链球菌JH1140基因组的组装有助于识别新的细菌素，并进一步了解效应菌株BCS3-L1优越的定植特性，促进了其作为替代治疗菌株的发展。更多的数据需要我们不断的进行探索研究后才能得出。
值得我们注意的是，突变株JH1140中含有一个乳酸脱氢酶基因，我们预测该基因在替代治疗菌株BCS3-L1中发生了突变。除了mutacin 1140操纵子外，变异链球菌JH1140还被发现包含两个额外的l抗生素基因簇。第一个簇包含了双组分l抗生素Smb的类似基因。另一组包含三个基因，它们编码一种类似于努卡星的抗生素。类似努卡星的基因簇是第一个抗生素基因簇的实例，其中包含三个重复的基因，编码一个类似的抗生素。值得注意的是，从未从变形链球菌JH1140中分离出Smb和努卡星类抗生素。
菌株JH1140由美国型培养馆藏提供。从JH1140中分离基因组DNA。全基因组测序使用基因组测序和分析设施的Illumina MiSeq 2 250-bp对端测序仪进行，德克萨斯州。使用组装好的基因组有525个基因组覆盖率。变异链球菌JH1140基因组草案包含24个序列，大小约为2 Mb，GC含量为36.6%。基因注释采用NCBI原核基因组注释管道，使用GeneMarkS3.1版本软件进行。基因组注释由1901个蛋白质编码基因组成，其中379个是假设的蛋白质编码基因。在基因组注释中预测了61个RNA基因，其中基因编码50个tRNAs和7个rRNAs。
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